Son yıllarda yeni nesil sekans analiz tekniklerinin yaygın olarak kullanılması bağlarda ve diğer bitkitürlerinde etiyolojisi bilinmeyen birçok virüs hastalığının etmeninin belirlenmesini sağlamıştır..Bağlarda bu teknoloji ile saptanan yeni virüslerden en önemlileri Grapevine Pinot Gris Virus(GPGV), Grapevine Syrah Virus-1 (GSyV-1), Grapevine Red-blotch associated Virus (GRBaV) veGrapevine Roditis Leaf Discoloration Virus (GRLDaV)’dür. Bu çalışmanın amacı Tekirdağ veHatay ili bağ alanlarında GPGV, GSyV-1, GRBaV ve GRLDaV varlığının PCR ve DNA dizilemeyöntemleriyle saptanması ve karakterizasyonlarının yapılmasıdır. Bu çalışma kapsamında virüsbenzeri simptom gösteren omcaların yanı sıra simptomsuz omcalardan da örnekler alınmış ve toplamolarak Tekirdağ ilinden 191, Hatay ilinden ise 111 örnek toplanmıştır. Tekirdağ ilinden toplanan bağörneklerinde %43,62 oranında GPGV, %1,04 oranında GSyV1 saptanmıştır. Hatay ilinden toplananörneklerde ise sadece %0,9 oranında GSyV1 saptanmış ve testlenen örnekler GPGV, GRBaV,GRLDaV açısından temiz bulunmuştur. Tekirdağ örneklerinin GPGV için yapılan RT-PCRanalizlerinde kısmi kılıf protein, hareketlilik, ve replikaz genlerini çoğaltan primerler kullanıldığındasırasıyla 411 bp, 302 bp ve 618 bp büyüklüğünde PCR ürünleri elde edilmiştir Bu ürünlerin doğrudaniki yönlü sekans analizi sonucunda ve her üç gen bölgesinin de nükleotid dizilimlerinin genbankasında kayıtlı farklı GPGV izolatları ile yüksek oranda homoloji gösterdiği saptanmıştır
The improvements on the next generation sequencing or high-trough output technologies allowed the discovery of several unknown viruses in grapevines and also in other plants . The most important new emerging grapevine viruses were identified as Grapevine pinot gris virus (GPGV), Grapevine syrah virus 1 (GSyV-1), Grapevine red blotch-associated virus (GRBaV) and Grapevine roditis leaf discoloration virus (GRLDaV). The aim of the present study was to investigate the occurrence and characterization of these viruses in Tekirdag and Hatay viticulture production areas by PCR and DNA sequencing analyses. Totally 191 and 111 grapevine samples showing both virus-like symptoms and symptomless were collected from Tekirdağ and Hatay provinces, respectively. Among the tested samples GPGV and GSyV-1 were detected in both local and imported cultivars by the infection rate of 43.62 % and 1.04% in Tekirdağ , respectively. In Hatay provice, only GSyV1 was detected by the infection rate of 0.9 % and all tested samples were negative for GPGV, GRBaV, GRLDaV. RT-PCR results showed that DNA fragments of 411 bp, 302 bp and 618 bp corresponding to the part of the coat protein (CP), movement protein (MP) and the replicase genes of GPGV were successfully amplified in Tekirdağ samples. All PCR products of GPGV were directly sequenced on both strands. All the nucleotide sequences of CP, MP and 5’ UTR and Nterminus of replicase genes shared the highest sequence identity with different GPGV isolates deposited in Genbank.
