Anthracnose disease in citrus occurs as dieback in shoots, spot on leaves, early leaf and fruit drop and anthracnose symptoms in fruits. Colletotrichum gloeosporioides, a causal agent of anthracnose, causes severe infections in many citrus species and varieties, including lemon. Fungal pathogen C. gloeosporioides can be diagnosed by morphological, molecular methods and protein-based spectrum analyzes. This study was conducted to perform a rapid identification of C. gloeosporioides, using the LAMP technique. Specific primers for the LAMP method were designed using the computer program (Primary Primer Explorer V3) (http://primerexplorer.jp/e), with primer sets specific to each gene region (F3 / B3 and FIP / BIP) of the gene sequences of the C. gloeosporioides strain. The specificity of the primers intended for use in the LAMP reaction was evaluated by using different three isolates of C. gloeosporioides and Fs4 isolates of Fusarium solani using a total of 3 DNA samples. Genomic DNA was used in the amount of 1 ng µl-1 in the PCR study and 10 fg µl-1 in the LAMP study. As a result, C. gloeosporioides isolates glowed in tubes when examined with fluorescent dye. However, no glare was observed in the tube with F. solani. LAMP analysis showed that it successfully detected genomic DNA from C. gloeosporioides, but F. solani was unable to detect the genomic DNA obtained. After 2 hours of analysis with LAMP technique, the pathogen was detected in a short time with the successful results.
Turunçgilde antraknoz hastalığı sürgünlerde geriye doğrukuruma, yapraklarda leke, erken dönem yaprak ve meyvedökümleri, meyvelerde antraknoz belirtileri şeklinde ortayaçıkmaktadır. Antraknoz etmeni Colletotrichum gloeosporioides,ülkemizde özellikle limon başta olmak üzere birçok turunçgiltür ve çeşitlerinde şiddetli enfeksiyonlara yol açmaktadır.C. gloeosporioides fungal patojeninin tanısı, morfolojik,moleküler yöntemler ve proteine dayalı spektrum analizleriile yapılabilmektedir. Bu çalışma, LAMP tekniğini kullanarakTurunçgil antraknoz etmeni C. gloeosporioides’in hızlı tanısınıgerçekleştirmek için yürütülmüştür. LAMP yöntemi içinspesifik primerler, C. gloeosporioides türünün gen dizileri hergen bölgesine özgü primer setleri (F3/B3 ve FIP/BIP) ‘PrimerExplorer V3’ adlı bilgisayar programı (http://primerexplorer.jp/e) kullanılarak tasarlanmıştır. LAMP reaksiyonunda kullanılmak üzere tasarlanan primerlerin özgüllükleri C.gloeosporioides’in 3 farklı izolatları ile Fusarium solani’ninFs4 izolatı olmak üzere toplam 3 DNA örneği kullanılarakdeğerlendirilmiştir. PCR çalışmasında genomik DNA 1 ng µl-1,LAMP çalışmasında 10 fg µl-1 miktarında kullanılmıştır. Sonuçolarak, floresan boya ile incelendiğinde, C. gloeosporioidesizolatlarının bulunduğu tüplerde parlama olmuştur. Ancak, F.solani’nin bulunduğu tüpte parlama gözlenmemiştir. LAMPanalizinin C. gloeosporioides’den elde edilen genomik DNA’yıbaşarıyla tespit ettiğini göstermiş, fakat F. solani’den eldeedilen genomik DNA’yı tespit edememiştir. LAMP tekniği ile 2saat süren bir analiz sonucunda elde edilen başarılı sonuçlarlakısa süre içerisinde patojenin varlığı tespit edilmiştir.
