Son yıllarda, moleküler genetik teknolojiler hayvan ıslahı anlamında çiftlik hayvanlarının genetik yapısının tanımlanması için oldukça önemli avantajlar sağlamıştır. Özellikle gelişmiş ülkelerde bu yöntemler hayvan ıslahı çalışmalarında yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Çok fazla sayıda moleküler genetic işaretleyiciden bahsetmek mümkündür. Bu işaretleyiciler polimorfizm türü ve tarama tekniği gibi bir çok faktör dikkate alınarak sınıflandırılabilir. Eski tip moleküler genetik işaretleyiciler günümüzde yaygın olarak kullanılmasına rağmen bunlardan elde edilen moleküler bilgiler modern olanlara göre oldukça kısıtlıdır. Moleküler genetik alanda en önemli gelişmelerden olan ve modern genetik işaretleyici olarak bilinen SNP çip teknolojisi çiftlik hayvanlarında genomik damızlık değer tahminlerinin yapılmasına ve genomik seleksiyona olanak sağlamaktadır. Bu derlemede eski ve yeni tip moleküler işaretleyiciler karşılaştırılmış ve hayvan ıslahında kullanımları tartışılmıştır.
In recent years, molecular genetic technologies allowed to identify genetic structure in farm animals have great advantages for animal breeding. Especially, in developed countries these methods began to be widely used to assist animal breeding studies. It can be said that there are various molecular genetic markers. These markers can be classified by taking into consideration a number of factors such as the principle of the detection technique, type of polymorphism. Although old type molecular genetic markers such as RFLP, AFLP, microsatellites are widely used today, the information obtained from them is more limited than modern molecular genetic markers. SNP chip technologies, which known as modern molecular markers and are one of the most important developments in the molecular genetics field, have provided genomic breeding value estimation and genomic selection in farm animals. In this review, old and new types of molecular markers were compared and their usage in animal breeding were discussed.