Klinik örneklerden izole edilen candida suşlarının PCR-RFLP yöntemiyle identifikasyonu
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HAMDULLAH SUPHİ BAYRAKTAR
Danışman: NİZAMİ DURAN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:ÖZET Klinik Örneklerden İzole Edilen Candida Suşlarının PCR-RFLP Yöntemiyle İdentifikasyonu Bu çalışmadaki amaç Candida türlerinin fenotipik dağılımlarını otomatize sistem kullanarak yapmak ve aynı zamanda Candida türlerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve Msp I ve Bln I enzimleri kullanılarak restriksiyon fragment uzunluğu polimorfizmi (RFLP) yöntemleriyle identifiye etmekti. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen 150 Candida türü çalışmaya dahil edildi. Klinik izolatların fenotipik değerlendirmesi VITEK-2 otomatize identifikasyon sistemiyle yapıldı. Candida türlerinin genomik DNA ekstraksiyonları cam boncuklu kit kullanılarak yapıldı. Daha sonra amplifikasyon ürünleri Msp I ve Bln I restriksiyon enzimleriyle kesildi ve kesilen ürünler %3?lük agaroz jelde yürütüldü. Sonuçlar standart Candida suşları ile karşılaştırılarak değerlendirildi. Candida türlerinin büyük bir çoğunluğu idrar örneklerinden izole edildi (%78.6). Diğer klinik örneklerin oranları; vajinal sürüntü örnekleri %11.3 (17/150), yara örnekleri %3.3, kan örnekleri %2 ve diğer klinik örnekler %4.7 şeklindeydi. Fenotipik yöntemle yapılan identifikasyonda Candida türleri ve oranları; C. albicans %48.6, C. tropicalis %17.3, C. glabrata %17.3, C. parapsilosis %4.0, C. krusei %4.0, C. lusitaniae %0.6, C. kefyr %0.6, C. famata %0.6, C. lypolitica %0.6 ve diğer türler %6 olarak bulundu. Msp I ve Bln I restriksiyon enzimleri kullanılarak yapılan RFLP yöntemine göre ise oranlar; C. albicans %45.3, C. glabrata %19.3, C. tropicalis %.14.6, C. parapsilosis %5.3, C. krusei %5.3, C. lusitaniae %0.6 ve diğer türler %9.3 olarak belirlendi. Msp I ve Bln I restriksiyon enzimleri kullanılarak yapılan PCR-RFLP yöntemi C. albicans, C. glabrata, C.tropicalis, C. parapsilosis ve C. krusei türlerinin identifikasyonunda başarıyla kullanıldı. Candida türlerinin identifikasyonunda restriksiyon fragment ürünleri ilgili daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır. PCR-RFLP yöntemi, DNA sekans analizi gibi diğer sık kullanılan DNA bazlı yöntemlere göre ucuz ve daha az zaman alıcı bir yöntemdir. Bu avantajı sayesinde yöntemin kullanılabilirliği ve tanısal değeri artmaktadır. Anahtar kelimeler: Candida, PCR, RFLP, Msp I ve Bln I