Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bitki Koruma (Yl) (Tezli), Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MİNE ULUSOY
Danışman: Kadriye Çağlayan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:
Nergislerde
tanımlanmış olan yirmiden fazla virüsün önemli verim ve kalite kayıplarına yol
açtığı bilinmektedir. Nergislerde görülen virüslerle ilgili dünyada birçok
çalışma olmasına rağmen, ülkemizde bu konuda yapılmış olan çalışmalar çok
sınırlıdır. Bu çalışmada Doğu Akdeniz Bölgesi nergis üretim alanlarında görülen
potyvirüslerin yaygınlık
oranlarının saptanması ve moleküler karakterizasyonunun
yapılması amaçlanmıştır. Doğu
Akdeniz Bölgesinde Nergis yetiştirilen illlerdeki ticari bahçe ve doğal
plantasyonlardan toplanan simptomlu ve simptomsuz 224 nergis örneği Potyvirus cinsine giren virüslere karşı
DAS-ELISA ve RT-PCR analizleri ile testlenmiştir. Toplanan örnekler DAS-ELISA yöntemi ile
testlendiğinde 80 örnek potyvirüsler açısından pozitif bulunurken, RT-PCR
analizlerinde Potyvirus cinsine
yönelik universal primerler kullanılarak yapılan testlemelerde 84 örnek pozitif
bulunmuştur. NIb primeri ile pozitif bulunarak
sekans analizine gönderilen 10 örnekte yapılan BLAST analizlerinde 6 örnekte narcissus
yellow stripe virus (NYSV) (Potyvirus
narcissus), 4 örnekte ise narcissus late season yellows virus (NLSYV) (Potyvirus narcissuslineae) tespit edilmiştir. Türe spesifik primerler
kullanılarak yapılan analizlerde, testlenen 224 örneğin 76’sında NYSV, 18 örnekte
ise narcissus degeneration virus (NDV) (Potyvirus
narcissusdegeneris) tespit edilmiştir. Bu çalışma kapsamında NLSYV için
türe spesifik primerlerle testleme yapılamamış ancak NIb primeriyle yapılan
RT-PCR/ sekans analiz sonuçlarına göre 10 örnekten 4 tanesinde NLSYV tespit
edilmesi, bu virüsün yaygın olarak bulunduğuna dair güçlü bir işaret olarak
değerlendirilmiştir. Testlenen 224 örnek karışık enfeksiyonlar açısından
değerlendirildiğinde, 14 örnek NYSV-NDV, 4 örnek NYSV- NLSYV ve 1 örnek de NYSV-NDV-NLSYV ile bulaşık olarak tespit
edilmiştir. NIb primeriyle pozitif
bulunan 84 örnek narcissus latent virüs (NLV) (Macluravirus
narcissi) ve narcissus mosaic virus (NMV) (Potexvirus
narcissi) açısından türe spesifik primerlerle testlendiğinde hiçbir örnekte
bu virüsler tespit edilmemiştir.
Ülkemizde nergislerde saptanan Potyvirus izolatlarının NIb gen bölgesine ait DNA
dizilerinin dünya izolatları ile kıyaslandığı filogenetik analizlerde, Antakya
ve Tarsus izolatlarının bazıları global NYSV izolatları ile
aynı ana dalda yer alırken bazı Antakya
izolatları farklı ülkelere ait NLSYV izolatları ile aynı ana dal içinde yer
alarak NIb gen bölgesinin Potyvirüs
türlerinin ayrımında başarılı bir
şekilde kullanıldığını desteklemiştir. NYSV izolatlarının global izolatlarla
kıyaslandığı filogenetik analizlerde 3 filogenetik grup tespit edilmiş olup
ülkemize ait bütün izolatların birinci grup içinde yer alarak Japonya ve
Çin'e ait izolatlarla yüksek oranda benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir.
Ülkemize ait NDV izolatlarının filogenetik analizlerinde ise, kendi
aralarında çok yüksek bir benzerlik oranı (%99,5) göstererek üç ana filogenetik
gruba ayrılan ağaçta birinci grup içinde yer almışlardır.
Bu
çalışma ile ülkemizde ilk kez nergis virüslerinin serolojik ve moleküler
yöntemlerle tespit ve karakterizasyon çalışmaları yapılarak NYSV, NDV ve
NLSYV’nin ticari yetiştiricilik yapılan nergis alanlarında oldukça yaygın
olduğu ancak yabani nergislerde herhangi bir virüsün tespit edilmediği
saptanmıştır.