Akademik Veri Yönetim Sistemi
Çağlayan K. (Yürütücü), KAYA K.
TÜBİTAK Projesi, 2024 - 2026
Turunçgil bitkilerinde biyotik ve abiyotik faktörler nedeniyle önemli kayıplara neden olan etmenlerden birisi de Spiroplasma citri’nin neden olduğu “stubborn (palamutlaşma)” hastalığıdır. Stubborn hastalığı ülkemizde 1950'li yıllardan itibaren Doğu Akdeniz bölgesinde turunçgil sektörünü etkileyen en önemli sorunlardan biri olmakla birlikte hastalığın etmeni olan S. citri’nin bölgedeki mevcut zarar durumu ve moleküler karakterizasyonuna yönelik kapsamlı bir çalışma yapılmamıştır. Bu çalışmada, turunçgil stubborn hastalığının Adana ve Hatay illerindeki yaygınlık durumu ile ülkemizde farklı zaman dilimlerinde farklı konukçulardan izole edilmiş çeşitli S. citri izolatlarına ait genomun yüksek çözünürlüklü dizisinin yeniden yapılandırılması amaçlanmıştır. Bu kapsamda sunulan projede, S. citri’nin tespit edilmesi amacıyla PCR analizlerinde patojenin farklı gen bölgelerini çoğaltan 3 farklı primer çifti (spiralin, P89 ve P58) kullanılarak hem daha doğru teşhis, hem de daha doğru bir ırk ayrımı yapılması hedeflenmektedir. Ayrıca, ülkemize ait S. citri izolatlarının dünya izolatları ile filogenetik ilişkilerinin ortaya çıkarılması amacıyla Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi Viroloji Laboratuvarında muhafaza edilen ve deprem sonrası hızla İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Fitopatoloji Laboratuvarına taşınarak koruma altına alınan 40 yıl kadar eski S. citri izolatlarıyla günümüz koşullarında izole edilecek olan S. citri izolatlarının tüm genom dizilemesi en ileri moleküler tanı yöntemleri olan “Highthroughput Sequencing (HTS)=Yüksek kapasiteli dizileme (YKD)” ve “Oxford Nanopore Teknolojisi (ONT)” ile yapılarak S. citri’nin virulanslık ve vektörlerle taşınmasından sorumlu genlerin durumu ve süreç içerisindeki değişiklikleri ortaya konulacaktır. Liyofilize edilmiş eski kültürlerden turunçgil, otsu konukçular ve vektörler olmak üzere 3 farklı konukçudan en az 2 S. citri izolatı ile yeni izole edilecek S. citri izolatlarından farklı iller ve turunçgil türüne göre seçilmek üzere en az 4 S. citri izolatı seçilerek YKD ve ONT yöntemleri ile toplamda 10 S. citri izolatının tüm genom analizlerinin yapılması, böylece S. citri-Türkiye izolatlarında doğal mutasyon ve rekombinasyonların saptanması, spiroplazma-konukçu etkileşimi, patojenin evrimsel sürecinin anlaşılması, adaptasyonu, replikasyonu, vektörle taşınma durumu ve patojenitesinde rol oynayan genlerin belirlenmesi ve tanımlanmış dünya izolatlarıyla kıyaslanması hedeflenmektedir. Ayrıca Gen Bankasında sınırlı sayıda S. citri tüm genom dizisi bulunduğu göz önüne alındığında farklı bir coğrafyadan (ülkemizden) ve farklı konukçulardan en az 10 yeni tüm genom dizisinin Gen Bankasına kaydedilmesi ile global veri tabanına önemli bir katkı sağlanması hedeflenmektedir