Farklı Hayvansal Gıda Üretim Modellerinden İzole Edilen Escherichia coli'lerde Halk Sağlığı Açısından Önemli Hibrit Patotiplerin ve Virülens Potansiyellerin Belirlenmesi ve Kontrole Yönelik Real-Time PCR Kiti Geliştirilmesi

Cengiz G.(Yürütücü), Göncüoğlu M., Ayaz N. D., Müştak H. K., Çufaoğlu G., Müştak İ. B., et al.

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, BAP Araştırma Projesi, 2026 - 2029

Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
Destek Programı: BAP Araştırma Projesi
Başlama Tarihi: Temmuz 2026
Bitiş Tarihi: Temmuz 2029

Proje Özeti

Proje, Türkiye’de yaygın olarak tüketime sunulan üç temel hayvansal gıda üretim modelinden (kırmızı et, kanatlı eti ve su ürünleri) izole edilecek Escherichia coli izolatlarının patotip dağılımı, antimikrobiyal direnç profili, biyofilm oluşturma kapasitesi ve genetik yapılarının karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesini amaçlamaktadır. Bu kapsamda, yıl boyunca farklı kesimhanelerden ve balık hallerinden rastgele örnekleme modeli uygulanarak, sığır kesimhanelerinden RAMS ve karkas svap örnekleri, piliç kesimhanelerinden kloakal svaplar ile boyun derisi örnekleri ve perakende satış noktalarından kara/kum midyesi örnekleri aseptik koşullarda toplanacaktır.

İlk aşamada, klasik kültür yöntemleri ve biyokimyasal testlerle tanımlanan izolatlar, 16S rDNA gen bölgesi sekanslamasıyla tür düzeyinde moleküler doğrulamaya tabi tutulacaktır. Ardından, izolatların patotiplerine özgü virülens genlerinin belirlenmesi amacıyla hem konvansiyonel PCR hem de özgün tasarlanacak qPCR tanı kiti kullanılacaktır. Geliştirilecek bu çoklu hedefli qPCR kiti, EHEC/STEC, EPEC, ETEC, EAEC, EIEC ve DAEC olmak üzere majör enteropatojenik E. coli patotiplerini yüksek özgüllükte ayırt etmeye yönelik olarak tasarlanacak, optimize edilecek ve validasyonu sağlanacaktır. İkinci aşamada, patotipi belirlenen hibrit E. coli izolatlarına yönelik olarak, antibiyotik duyarlılık testleri disk difüzyon yöntemiyle, kolistin direnci ise yalnızca broth mikrodilüsyon yöntemiyle değerlendirilecektir. Üçüncü aşamada, hibrit izolatların biyofilm oluşturma kapasitesi spektrofotometrik yöntemle belirlenecektir. Son olarak, seçilen izolatlara ait tam genom dizilemeleri üçüncü nesil Oxford Nanopore teknolojisiyle gerçekleştirilecek; elde edilen genomik veriler, biyoinformatik analizlerle detaylı şekilde değerlendirilecektir.

Proje, hayvansal kaynaklı E. coli suşlarının halk sağlığı açısından taşıdığı riskleri çok yönlü olarak ortaya koymayı; özellikle hibrit patotiplerin genetik çeşitliliği, direnç yapıları ve yayılım potansiyellerine ilişkin yeni veriler sunarak gıda güvenliği ve “Tek Sağlık” yaklaşımı çerçevesinde ulusal düzeyde izleme programlarına katkı sağlamayı hedeflemektedir.